Primäre Ziele der Umwelt- und Entwicklungspolitik der Völkergemeinschaft sind der Schutz der Ozeane, Meere und Küstengebiete sowie der Schutz und die rationelle, vorsorgeorientierte Nutzung und Entwicklung ihrer lebenden Ressourcen. Dies erklärt Kapitel 17 der Agenda 21 der Konferenz der Vereinten Nationen für Umwelt und Entwicklung im Juni 1992 (Rio-Konferenz).

Das Seerechtsübereinkommen der Vereinten Nationen (UNCLOS) bildet - neben der politischen AGENDA 21 - die völkerrechtliche Grundlage für Regelungen zur Umsetzung dieser Politikziele. Deutschland hat sich zum Schutz der Ozeane politisch verpflichtet und das Seerechtsübereinkommen ratifiziert. Konkrete Vorgaben ergeben sich aus dem EU-Umweltrecht. So ist Deutschland zur Umsetzung der Meeresstrategie-Rahmenrichtlinie 2008/56/EG sowie der Natura-2000-Richtlinien (Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie 92/43/EWG und der Vogelschutzrichtlinie) rechtlich verpflichtet.

Vor diesem Hintergrund setzt sich das BMEL für einen wirksamen Schutz von Arten und Lebensräumen in den Meeresschutzgebieten der Nord- und Ostsee ein. Dazu gehört auch, dass wir die Natura-2000-Schutzgebiete in der deutschen Ausschließlichen Wirtschaftszone (AWZ) entsprechend ihren Schutzgebietszielen „mit Leben füllen“. Zu diesem Zweck wurden Fischereimaßnahmen für die Schutzgebiete in der deutschen AWZ in Nord- und Ostsee erarbeitet. Während in der Nordsee ein Paket verschiedener Fischereibeschränkungen und -verbote vorgesehen ist, soll in großen Teilen der Schutzgebiete der Ostsee-AWZ die grundberührende Schleppnetzfischerei ganzjährig verboten werden. Auch in weiten Teilen des Meeresschutzgebiets „Doggerbank“ in der Nordsee ist ein Verbot der Grundschleppnetzfischerei vorgesehen. Damit soll zum Schutz von Sandbänken, Riffen, und in der Nordsee auch von Seevögeln und Meeressäugern beigetragen werden.

Außerhalb Europas setzt sich das BMEL gemeinsam mit anderen Bundesministerien und wissenschaftlich unterstützt durch das Alfred Wegener Institut für Polarforschung (AWI) speziell für ein Meeresschutzgebiet im südpolaren Weddellmeer ein. Das Weddellmeer verfügt über eine äußerst große Artenvielfalt, beispielsweise von Walen und Pinguinen. Mit einem solchen Meeresschutzgebiet in der Antarktis soll dem Verlust vieler Arten z.B. durch den Klimawandel vorgebeugt werden.