Durch die BEE werden die Ergebnisse der EBE für ausgewählte Fruchtarten (die wichtigsten Getreidearten, Raps und Kartoffeln) durch objektive Ertragsmessungen abgesichert. Diese Art der Erhebung wurde 1948 eingeführt, um Kritik bezüglich mangelnder Objektivität der Ernteberichterstattung zu begegnen.

Durch das Agrarstatistikgesetz ist derzeit festgelegt, dass für die BEE bundesweit maximal 10.000 Felder herangezogen werden. Diese werden in einem Stichprobenplan des StBA auf die Länder verteilt. Bei Getreide wird der Ertrag überwiegend, beim Raps ausschließlich im sog. Volldruschverfahren ermittelt, d.h. die gesamte Erntemenge eines Probefeldes wird verwogen und anhand der Feldgröße der Hektarertrag berechnet. Aus dem Erntegut werden zudem Proben gezogen.

Eine Teilmenge der Einzelproben geht an eine Untersuchungsanstalt im jeweiligen Bundesland. Dort werden der Feuchtegehalt, der Schwarzbesatz und der Auswuchs ermittelt. Der andere Teil wird an das Max Rubner-Institut in Detmold geliefert, wo weitergehende Qualitätsuntersuchungen (z. B. Rohproteingehalt und Backqualität bei Getreide, Ölgehalt bei Raps) durchgeführt werden.